东南大学源于1902年的三江优级师范学堂。1921年6月，正式定名国立东南大学。
        1922年郭秉文校长聘请茅以升为工科主任，当时工科仅有机械工程系。1923年茅以升等7位教授联名致函校评议会和教授会，报告中提出：“土木系为工科之主干，凡有工科之学校无不以土木为先务，今本校已有机械系，则土木系之添设更不容缓”；“土木系拟办之建筑营造、道路市政各组，均为国内急需”。由此，土木工程系成立。但1924年4月校董会以财政困难为由决定停办工科，后由全国水利局与江苏省公署商定，以河海工程专门学校与东南大学工科为基础，改组成立河海工科大学，由茅以升任校长，东大工科学生转入河海工科大学就读。到1927年7月，教育部试行大学区制，将河海工科大学、上海商科大学、江苏政法大学、江苏医科大学、南京工业专门学校、苏州工业专门学校、上海商业专门学校、南京农业专门学校等八校，并入东南大学，改称国立第四中山大学。1928年3月又更名为江苏大学，同年5月正式定名为国立中央大学，直至1949年新中国成立，更名为国立南京大学。1952年院系调整，工学院留原址，成立南京工学院，直至1988年复更名为东南大学。
        1939年中央大学建立工学研究所，下设土木工程、机械工程、电机工程三个部。土木工程部又分结构工程和水利工程两个组。1941年水利组划归水利系，但又增设道路工程和水利工程两个组。 自1923年以来，土木系的实验室和设备渐臻完善。河海工科大学并入中大时，其图书、土工、测量仪器和材料试验机等全部并入土木系。最早建立的有测量仪器室和材料试验室，1946年增设道路实验室和结构实验室，1947年春与导淮委员会合作建立起混凝土研究室，由当时的系主任沙玉清任主任，已故钱家欢教授为当时的研究人员之一。
        新中国成立后，百废待兴，迫切需要土建人才，1949-1951年土木系三、四年级学生全部充实参加水利工程、铁道兵团和空军等生产一线，1952年、1953年先后两届三年级学生提前一年毕业，统一分配，参加国家各项建设。1952年进行全国范围内的院系调整，以南京大学工学院为基础，成立南京工学院。 并开始全面学习苏联，按苏联模式建立专业，成立教研室，制订各专业教学计划及每门课程的教学大纲。
        1954年成立地基基础教研室，由唐念慈教授任主任，并正式建立了土工试验室，当时土木系建立了“工业与民用建筑”、“公路与城市道理”、“工程测量”及“桥梁与隧道”四个专业，地基基础教研室为这些专业开设工程地质、土力学、地基基础等课程。