1956年11月，公路科学研究院筹备处改为交通部公路科学研究院，1958年11月8日，交通部公路科学研究所成立。1960年11月28日，将公路科学研究所、水运科学研究所调整合并为交通部交通科学研究院。1972年1月1日起，铁道科学研究院和交通科学研究院正式合并，合并后定名为“交通部科学研究院”。1975年1月29日，交通部科学研究院自1975年2月1日起，分为铁道部铁道科学研究院和交通部交通科学研究院。1978年5月3日，交通部交通科学研究院正式名称为“交通部科学研究院”。1981年3月14日，现交通部科学研究院的水运、公路两所分开，定为局级单位，作为交通部水运和公路两方面的科研单位。2005年11月17日，交通部以交人劳发[2005]542号文通知，交通部公路科学研究所启用交通部公路科学研究院名称。
        50年代开展了东北大兴安岭地区森林道路路基稳定及施工措施的调查工作，提出了森林道路路基稳定技术的研究报告。开展了山区公路坍方滑坡的研究工作。分别对湖南湘西；四川凉山、阿坝、西昌；贵州黔东；云南丽江、东川等地山区公路的路基病害进行了调查研究，并对其中重点病害点的防治进行了全面调查测试。提出了云、贵、川、湘公路坍方及防治的研究报告；四川成阿公路重点滑坡的处理措施的研究报告；四川凉山地区美姑至昭觉公路泥石流及防治的研究报告。完成了交通部下达的黄土地区公路路基水土保持的研究工作，对山西晋西地区公路进行了调查研究，提出了黄土地区公路水土流失防治措施的研究报告。同时期系统地开展了公路石方综合爆破技术的研究工作，提出了多面临空地形爆破与边斜坡地形抛坍爆破等创新性的爆破技术，包括计算药量公式、爆破施工工艺等，于1978年曾获得全国科学大会奖。在同时期内的全国公路路基路面综合调查研究工作中，为柔性路面设计参数提供了依据，其中路基填土高度和道路气候分区所取得的科研成果，已上报国家科委进行登记。